在第二次浪潮文明出现之后，原子论才成为主流观点，因为数种思想汇合，改变了我们对事物的观点。
17世纪中叶，一位法国神父皮埃尔·伽桑狄（PierreGassendi)开始谈到物质中含有极微小的“微粒子”。伽桑狄当时是巴黎皇家学院的天文学家和哲学家，他受到卢克莱修的影响，成为物质原子论的提倡者，他的观念很快就横扫英吉利海峡，传到年轻的科学家罗伯特·波意耳（Robert Boyle）那里。波意耳当时正在研究气体的压缩性，他把原子论的观念由抽象的理论变成实验，并且断言空气本身也是由小分子构成的。伽桑狄逝世6年后，波意耳发表了一篇论文，指出任何物质（比如地球）都可以分解成更简单的物质，它就不是一种元素。
同时，曾被伽桑狄批评的耶稣会数学家勒内·笛卡儿（RenéDescartes）认为，现实只有在破裂成极小的单位后才能被人们了解。借用他的话来说，“我们必须把所有问题分成无数的部分”。在第二次浪潮出现之后，哲学原子论和物理原子论开始齐头并进。
这对整体观念是一个严重的打击，一代又一代的科学家和哲学家以令人惊异的研究成果把宇宙划分成细小的碎片。微生物学家勒内·迪博（René Dubos）在笛卡儿发表了《方法论》(Discourse onMethod）之后曾说：“此书应用于医学方面后，立刻带来了无数发现。”在化学和其他领域，原子论及笛卡儿的原子方法带来了惊人的突破。到18世纪中叶，宇宙由独立分割的部分组成的观念已经成为众所周知的事实，成为工业现实观的一部分。
第三次浪潮
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