其实，上述希腊哲学的演变不仅有自然科学和认识论等不够发达的特殊的历史原因，而且亦有哲学上的普遍原因，这就是哲学中方法与问题之间的矛盾。
一般说来，就西方古典哲学而言，哲学的问题或研究的对象大多是普遍的、永恒的和无限的东西，例如本原和存在。但是哲学家们解决问题所使用的方法却不可避免地具有有限性的特征，因为概念、判断、知识或思想不可能没有确定性。在某种意义上说，哲学思维方式的转变与哲学方法的演变有密切的关系：谁找到了方法这把钥匙，谁就掌握了解决哲学问题的关键，但是实际上谁都不可能从根本上解决方法的问题。因此，西方哲学中自始至终都存在着方法问题，而且越到后来越受到哲学家们的重视，甚至可以说，方法是使现代西方哲学诸流派相互区别的一个重要原因。
希腊哲学的根本精神就是爱智慧、尚思辨、学以致知的探索精神，正是这种精神为西方哲学追求知识、探索真理的基本倾向和科学思维方式奠定了基础。但是，正如任何事情都有其两面性一样，这种科学思维方式既在形成蔚然大观的西方文明中发挥了重要的作用，同时也被有些思想家视为造成西方文明之种种弊端的根源。例如，当20世纪西方哲学反思自己历史的局限时，许多哲学家把其最基本的局限性归结为“科学思维方式”，并且将它的滥觞一直追溯到古希腊哲学。不过，值得我们注意的是，希腊人虽然崇尚知识崇尚科学，但是他们眼中的科学知识与后世所理解的科学知识是不同的。以自然观为例，希腊人的自然观是朴素辩证的、有机整体的自然观，他们以自然为认识的对象，但却从来没有想到要把人从自然中分离出来，以主人的身份去役使自然，以征服者的心态去改造自然。当然，西方哲学的科学思维方式毕竟是从希腊哲学演变而来的，尽管促成其演变的原因多种多样，不能简单对待。
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