与教父哲学不同，经院哲学在总体上已经不再以创立教义、制订神学内容为己任，而是要从理论上论证、阐释教义，化解《圣经》或教父哲学中所包含的一些不协调因素，使神学进一步系统化、理论化。作为理性思维艺术的辩证法被引入神学的思维，理性主义开始复苏，并在12一13世纪达到了高潮。12世纪时，由阿拉伯人保存的古希腊文明回传入西欧，从而导致了经院哲学内部柏拉图主义和亚里士多德主义之间的斗争。托马斯·阿奎那适应形势的发展，力证理性在论证信仰、捍卫信仰方面的积极作用，毅然采用亚里士多德哲学论证基督教信仰，从而把经院哲学推向了鼎盛时代。然而，托马斯所建立的理性与信仰的联盟遭到了英国唯名论的坚决反对。唯名论反对用理性来思维信仰的做法，从而消解了经院哲学赖以生存的基础，经院哲学不可避免地走向了没落。
11世纪以后，西欧生产力在缓慢的积累中有了明显的提高。一大批工商业城市发展起来，成为新生产方式的代表。以新兴市民阶级为载体的人文文化在13一14世纪的复兴，对经院哲学造成了更为致命的冲击。随着文艺复兴时代“自然的发现”和“人的发现”，神已经不再是人们思考的中心，基督教的经院哲学完成了它的历史使命，最终退出了历史舞台。
基督教哲学始终处在理性与信仰的矛盾之中。当时是基督教一统天下的时代，哲学是神学的婢女。诉诸信仰的宗教神学具有绝对的权威，然而哲学的思辨却需要理性的力量。所以这一时期的基督教哲学其基本问题就是理性与信仰之间的关系问题。作为一种特殊的哲学形态，基督教哲学试图调和两者，用理性来证明信仰。但是由于两者在根本上是矛盾的，因此最终不仅损害了信仰，也失落了理性。文艺复兴时期的反理性倾向与此不无关联，以至于直到笛卡尔才重新确立起理性的权威。
基督教哲学与希腊哲学形成了鲜明的对比。
在某种意义上说，希腊哲学的精神是一种乐观主义的悲剧精神，它的主题是命运、必然性和规律，不过在命运面前，希腊人不是消极的，他们对现实生活保持着乐观向上的态度，形成了崇尚知识的理性主义和人文精神。基督教哲学则正好相反。在特定的社会历史背景之下，中古时代的人们逃避、抛弃和否定了现实生活，以否定现实的方式谋求灵魂的救赎，视人间为走向天国的“天路历程”，试图通过信仰上帝使灵魂得到永生。显然，作为一种超越有限性的方式，基督教从信仰和情感的角度深入人心，的确有其存在的意义和价值。
①《马克思恩格斯全集》，中文1版，第7卷，400页，北京，人民出版社，1959。
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