12世纪下半叶，在西欧的大学里，特别是在当时的理论中心巴黎大学，掀起了学习和研究亚里士多德哲学的热潮，人们纷纷运用亚里士多德哲学的观点和方法对世界做出新的分析和解释，教会的意识形态遇到了强大的挑战。
罗马教会当然不会对此熟视无睹。为了维护基督教神学和经院哲学的权威，为了遏制亚里士多德哲学的传播，在1209年的巴黎宗教会议上，罗马教会对其重要理论据点巴黎大学做出决定：教师不得转录、阅读、讲授或以任何形式保存亚里士多德的著作，违者革除教籍。此后，教会最高当局又先后发布命令，宣布亚里士多德的《物理学》、《形而上学》等著作为禁书，亚里士多德被视为“最危险的敌人”，其哲学被视为“异端邪说”。然而，仅仅凭借高压政策，简单地采取拒之门外的做法，并不能遏制亚里士多德哲学的传播和发展。教会的决定很快就变成了一纸空文。在此期间，亚里士多德哲学依然是欧洲各大学最受欢迎的哲学学说。许多教师和学生甚至以能够援引亚里士多德为理论依据而为荣。这种状况使罗马教会不得不认真考虑在思想上如何对待亚里士多德哲学。结果短短几十年后事情就发生了根本的转变，亚里士多德哲学被认做哲学和科学的最伟大的权威。从1366年起，罗马教皇的两个使节、枢机主教以命令规定必须研究亚里士多德的逻辑学，后来又规定必须研究他的形而上学和物理学，否则就不能得到优等学位。在这个过程中，几乎所有的哲学家都或多或少地受到了亚里士多德的影响。以布拉班特的西格尔为代表的一批神职人员教授，力主全面接受亚里士多德哲学，公开拥护阿威罗伊学派，因而被称为拉丁阿威罗伊主义。这种学说由于同当时以奥古斯丁哲学为代表的正统经院哲学势如水火，并从亚里士多德哲学得出了一些与基督教传统教义无法相容的结论，无法为教会当局接受。以哈勒斯的亚历山大和波纳文图拉为代表的弗兰西斯教派则是守旧派，他们虽然在形式上也接受了一些亚里士多德哲学的内容，但在原则上则顽固地坚持奥古斯丁主义传统，拒绝采纳亚里士多德哲学。在新的现实面前，这种观点不免显得苍白无力。以阿尔伯特和托马斯为代表的多米尼克教派则力主开辟第三条道路，既能够顺应时代的新潮流，采纳亚里士多德哲学而为教会所用，同时又能够维护基督教教义的权威地位，或者换句话说，开辟一条把新柏拉图主义和亚里士多德哲学结合起来，利用亚里士多德哲学为基督教神学服务的途径。这三股思潮在13世纪中叶曾展开激烈的论战，史称“巴黎大论战”。正是这种激烈的斗争，把经院哲学推向了繁荣。
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