培根不同意“双重真理论”的提法。他不仅认为神学不妨碍和限制科学的认识，而且坚持哲学为神学服务，为神学作论证。哲学的意义就在于经过认识创造物而认识造物主。因此，没有哲学作根据，神学就无能为力了。值得一提的是，培根虽然主张科学为基督教信仰服务，认为基督教高于其他信仰，但他又认为基督教并不排除其他宗教，基督教只是各种信仰中的一种。这种思想无疑是近代宗教宽容精神的前驱。
（三）对教会和封建社会的批判
在《哲学研究纲要》的《普遍的腐败性》一文中，培根激烈地抨击了教会和封建王公们的腐败。他写道：“在我们这个时代，充满了比以往任何一个时代都严重的罪孽。圣位成为不义的人们欺骗和虚伪的牺牲…傲慢成风，贪欲泛滥，妒忌吞噬着一切。放纵玷辱了整个教廷，奢侈统治了一切。……上层如此，下边又如何呢？看看那些高级教士们吧。看他们怎样搜刮财物，不关心人们的灵魂，提拔自己的亲族和其他俗界朋友以及那些出主意毁灭一切的狡诈的讼棍。…新修会也完全丧失了原来的尊严，整个教界都只热衷于纵欲、傲慢和贪婪。”俗界的状况也是如此。“诸侯王公和骑士们互相压榨，使其臣民们背上了无休无止的战争和赋税的沉重负担。人民痛恨折磨着他们的诸侯，只是被迫才向他们表示忠诚。上行下效，他们也互相压榨、欺瞒，这些我们到处都可以亲眼看到。他们完全沉湎于纵欲和奢侈，堕落得难以名状。至于商人和手工业者则根本无法说，因为他们的言行中充满了虚伪、欺骗和奸诈。”培根充满感情地谈到了古典时代：“古代哲学家们尽管没有鼓励人们追求永恒生活的礼仪，但无论就其可敬的生活方式来说，还是就其对世俗以及一切情趣、财富和荣誉的蔑视来说，都无可比拟地优于我们。任何人都可以在亚里士多德、塞涅卡、图利乌斯、阿威森纳、阿尔·法拉比、柏拉图、苏格拉底等人的著作中看到这一点。”社会普遍堕落的根源就在于教会的堕落。因此培根的结论是：“必须纯洁教会，没有一个聪明人会对此有丝毫的怀疑。”①培根把纯洁教会的希望寄托于统治阶级上层，认为需要公正的教皇和公正的国王一起，用物质的剑和精神的剑一起来纯洁教会。
①英]罗吉尔·培根：《大著作》，6。北京大学哲学系外国哲学史教研室编译：《西方哲学原著选读》上卷，287页。
②同上书，288页。
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