经验论与唯理论之争使哲学在认识论问题上走进了死胡同，其后果是十分严重的。近代哲学的启蒙主义以崇尚理性、提倡科学和推进知识为己任，然而经验论与唯理论之间的争论却使这些理想出现了落空的危险。它意味着我们不仅不能证明科学知识的普遍必然性，而且作为科学知识之基础的理性本身也发生了动摇。因为科学知识是理性的产物，无论是科学知识的普遍必然性无法被证实，还是理性无法证实科学知识的普遍必然性，结果是一样的，那意味着理性本身成了问题。
当然，对于近代哲学来说，这还不是最严重的问题。更严重的问题是，在启蒙主义的基本精神内部发生了矛盾，这就是理性与自由之间的冲突。
由于近代哲学家们所倡导的理性主要是一种科学理性，这就使哲学在自然科学的影响之下形成了一种机械决定论的自然观。在蓬勃发展的自然科学的鼓舞之下，哲学家们试图将科学方法推广到人类知识的一切领域，他们相信无论自然、社会还是人类自己统统服从于统一的法则，那就是自然的因果律，一切事物都可以由此而得到合理的说明。因此，人与自然万物没有什么不同，一样服从于共同的自然法则，他不过是一架更精密更复杂的机器而已。结果，启蒙主义的两大支柱一—理性与自由就发生了尖锐的矛盾：当哲学家们把科学理性贯彻于人类知识的所有领域的时候，不仅自由而且人本身的价值和尊严都成了问题。就此而论，法国思想家卢梭以其独特的方式揭示了启蒙主义的这一内在矛盾。当卢梭试图说明人类不平等的起源和基础的时候，他把自然状态与社会状态对立起来，认为人类原本生活在无忧无虑、自由平等的自然状态之中，而当他进人社会状态之时便失去了自由和平等。这意味着，当启蒙主义者鼓吹文明、科学和进步之时，卢梭则开始了对启蒙主义的深刻反思。
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