二元对立推动着无机界向有机界运动和转化。“正是普遍的二元对立，从磁的两极性开始，经过电的现象，变为化学的异质性，最后在有机自然界表现出来。”①在磁的现象中，对立存在于同一个物体中；在电的现象中，对立存在于不同的物体中；化学现象是磁和电的统一，彼此对立的物体相互作用的结果是回复到同一，即物体的无差别性。磁、电、化学现象构成了运动过程的上升的层次序列。 f
无机运动过程的完全实现就是有机过程的开始。有机生命并不是与其他物质现象并列的另一种物质现象，而是无机物发展的完善形式，它既具备了一切无机过程，又不同于无机过程。在谢林看来，无机物的特点是机械性，它受直线因果序列的支配；有机体的特点兼具机械性和目的性，是机械性和目的性的统一。因此，“这个自然界虽然是盲目的自然力量的产物，然而又是彻里彻外合乎目的的”②。谢林力图以此来解决康德试图调和的机械论与目的论的矛盾，因为在他看来，在有机体中，整体先于部分，部分是由整体产生的，自然的整体性在有机体中得到充分的表现。如此一来，康德在反思判断力中视为调整性原则的机械性与目的性的和谐一致，由谢林在自然界本身中找到了根据。
自然哲学的真正目的是赋予自然规律以精神的意义，使之成为直观和思维的规律，在谢林看来，“完善的自然理论应是整个自然借以把自己溶化为一种理智的理论”③。谢林把整个自然看做是一个巨大的生命有机体，贯穿其中的是一种统一的创造性力量，即“世界灵魂”，自然产物的持续进化正是“世界灵魂”从不自觉到自觉的表现。自然界的发展本身就是一个从客观向主观过渡和运动的精神化过程，从自然出发达到心智是自然哲学的必然趋势。自然哲学从客观的东西出发，在揭示自然本质的过程中，物质的外壳逐渐消失，留下的只是规律、形式等精神性的东西。谢林在自然哲学中明确表述了自然界具有能动性、创造性和变化发展的思想，认为自然应该是可见的精神，精神应该是不可见的自然，自然界从一个阶段向另一个阶段的发展运动，是从无意识的东西向有意识的东西的逐步转化。物质只是自然实现自己过程中的低级阶段，它是死寂的、无意识的，是一种尚不成熟的理智；意识则是自由的、有意识地产生的理智，自然本身就孕育着生命与精神，生命与精神是自然界运动和发展的产物，并且自然借助理性或精神才第一次回去复到它自身。谢林的自然哲学不再像知识学那样把自然、非我看做由自我设定的，而是把自然看做精神的无意识的阶段。
①《谢林全集》，第3卷，258页，斯图加特/奥格斯堡，德文版，1856—1861。
②[德]谢林：《先验唯心论体系》，257\~258页。
③ 同上书，7页。
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