原子论哲学的创立是早期希腊自然哲学发展的最高成就，对后世影响很大。在晚期希腊，伊壁鸠鲁结合当时科学的新发展，对之做了一些修正，使它更加完善了。在罗马共和国时期，卢克莱修亦为之提供了广泛的论证，把它作为消除迷信开化愚昧的工具。在17世纪，近代哲学复活了古代原子论，从而对科学原子论的产生具有一定的启发作用。另一方面，德谟克利特的认识理论，特别是其中的约定论观点，可以看做是伽利略和洛克等人思想的先驱。
早期希腊哲学以自然万物的本原为主要的研究对象，哲学家们试图以自然来说明自然，从各种角度进行了艰苦卓绝的探索，作为第一批从事哲学思考的人，为后世树立了光辉的榜样。但是，由于这个时期的自然哲学建立在经验和观察的基础上，它的问题是哲学的而其内容却往往是科学的，故而需要但却缺少科学实验的理论和手段，所以主要是朴素直观和猜想性的，难以形成普遍必然的知识，带有很大的局限性。于是，爱利亚学派的巴门尼德揭示了自然哲学的缺陷，摒弃了自然哲学的宇宙论道路，将哲学的研究对象转向了“存在”，这就为后来长期主宰西方哲学的形而上学或本体论奠定了基础。此后的自然哲学家们为了解决巴门尼德提出的难题而采取了多元论的方式，最终形成了当时自然哲学的最高成就，即德谟克利特的原子论。
然而，原子论哲学的创立也标志着早期希腊自然哲学的结束。首先，当希腊哲学深入到事物内部，试图说明构成自然的元素和结构的时候，这些问题实际上应该由自然科学来解决，至少需要科学工具和手段的支持，而这恰恰是希腊自然哲学所无法满足的条件。其次，从米利都学派到原子论，朴素辩证的自然观逐渐具有了比较浓厚的机械论色彩，原本蕴含于本原之中的运动变化的原因被排除在了事物之外，因而难以说明宇宙万物的自我生成。最后，希腊哲学追求的是关于自然的知识，自然哲学演变的结果却是众说纷纭、莫衷一是，因而不可能满足这一要求。因此，尽管自然哲学后来仍然是希腊哲学所研究的重要问题，但是早期希腊自然哲学的宇宙论终于衰落了。随着人们抽象思维的进一步发展，随着哲学中心向雅典的转移，随着雅典民主制带来的经济繁荣、社会开明、文化发达和知识进步，人们的视野更加开阔，思想日益活跃，对社会和人自身的问题愈加关注。
因此，哲学在自身中发生了革命性转变。
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