《哲学全书》于1817年出版了第一版，1827年出了第二版，内容比第一版增加了一倍，1830年第三版问世，虽然篇幅增加不多，但文字的改动数以千计。显然，黑格尔在此下了很大的工夫。黑格尔去世之后，人们在编辑他的著作时把学生听课的笔记补充进去作为该书的“附释”，对于人们一般地理解黑格尔的思想很有帮助，然而专家学者们却宁愿让这本书保持原样，把那些学生笔记依时间的顺序整理出版，后来《黑格尔全集》出版批判版的时候就采取了这样的方式。
我们通常所说的黑格尔的哲学体系就是这个《哲学全书》的体系。就此而论，我们既不应该因为它只是纲要而忽视其意义，同时也不应该认为《哲学全书》的体系就是黑格尔定了型的哲学体系。显然，比较这本书的不同版本我们就会发现，黑格尔哲学体系的框架大致如此，而内容和细节则始终处于变化之中。
(二)逻辑、自然和精神
《哲学全书》分为三大部分：“逻辑学”、“自然哲学”和“精神哲学”。“逻辑学”是研究理念的自在自为的科学，它讨论的是纯粹的本质性因素亦即纯思想规定或范畴；“自然哲学”是研究理念的异在或外在化的科学，它讨论的是理念外化自身而成为自然亦即理念的外在表现；“精神哲学”研究的是理念由它的异在返回它自身的科学，它讨论的是理念通过人类精神重新获得自己的形式，从而成为真正的现实的过程。
《哲学全书》中的“逻辑学”部分（小逻辑）基本上是《逻辑学》一书（大逻辑）的概要，虽然它们在形式、内容和细节等方面有许多差异。在“逻辑学”的结尾处是从“逻辑学”到“自然哲学”的过渡。从本体论上说，当逻辑理念在“概念论”中达到了“绝对理念”亦即自在自为的真理之时，“按照它同它自己的统一性来看，就是直观，而直观着的理念就是自然”①。这就是说，“绝对理念”扬弃了一切差别和矛盾而实现了自身统一性，这个直接的统一性就是一个简单的事实，一个消解了所有间接性的现成的东西，这个东西就是“自然”。从宇宙论上看，这个达到了自身统一性的直接性（直观）的理念由于返回自身而享有绝对的自由，因而它便自由地决定将自身中的特殊规定和诸环节“释放”出来，将其自身作为它自己的反映，自由地外化为自然。换言之，现在“存在”在这里成了“存在着的理念”；而存在着的理念也就是“自然”。显然，从逻辑理念到自然的过渡具有某种神秘主义的色彩，不过这里的“过渡”不应该理解为时间意义上的过程，而应该看做是逻辑上的关系：逻辑理念是自然的本质性因素，自然乃是逻辑理念的外化和表现。
①[德]黑格尔：《小逻辑》，427页。
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