其四,新的历史方法论(méthodologique del’histoire)的建立。在青年福柯看来，这种新的历史方法论的主旨是为了摆脱上述那种理性主义目的论和同质性、连续意义建构的总体历史观，它具体表现为探寻在历史研究中将文献构序为“一致的和同质性的资料体”的隐秘机制、人们选择文献的无意识原则，以及历史构境分层时所依据的特定“语义场”(leschampssémantiques)和“形式结构”(la structure formelle)。24]福柯在此书中仍然61次使用structure一词。固然他反对人们给他贴上“结构主义”的标签，这在一定的意义上也说明了他与结构主义的无意识亲近。我们能看到，青年福柯所指认的新历史方法论显然集中于面对史料(“文献”)的问题上，即人们在整理史料时，选择记录和放弃事件的无意识发生的隐性原则——在历史学家的前意识选择目光中，“一致的和同质性的资料体”的逻辑线索必然是一种隐性强制。但这一强制究竟是如何发生的，青年福柯在这里并没有明确交待。他只是说，新方法论使人们摆脱了前不久构成历史哲学的东西。“如：关于变化的合理性和目的论，关于历史认知的相对性，关于在过去的情形中和现在的未完成的总体性中发现和构造某种意义的可能性。”[25]我们能够看到，福柯的新历史观很快就影响到历史学界。它甚至促成了法国“新史学”的出现。1971年，在法国影响巨大的伽利玛出版社的历史学编辑皮埃尔·诺拉就以福柯的观点策划了一套名为“多元历史图书馆”的丛书，仅靠这一丛书的名称就令福柯“热血沸腾”。在《认知考古学》出版之前，福柯就让诺拉读过手稿。[26]之后，一批历史学家便入境于这一新史学研究的队伍。
为此，德勒兹评论说，
福柯是创造了他性历史关系(l'histoire un tout autre rapport)的哲学家，这种关系与历史的哲学关系全然不同。福柯认为历史将我们禁锢和限制起来，历史不说我们是什么，而说我们正在与什么有所不同，历史不建立同一性(identité)，而是驱散同一性，以利于与我们的他者(autre)。[27]
第六章非连续性:反对总体性和目的论的新历史观
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