朱厄特和他的同事特别担心来自西弗吉尼亚的参议员哈利·基尔戈(HarleyKilgore)。基尔戈是参议院中战争动员委员会的主席，主张联邦政府对政府在科研上的开支给予严密控制，而在公共资助的研究所中产生的专利应当归公众所有，他还认为科学家应当与其他的利益群体共同分享对于科研过程的控制。学院计划的支持者认为他们的优势在于，国会已经赋予美国科学院以合法的资格，因此可以通过行政命令来实施学院计划，这样科学家就不用与基尔戈打交道。1944年末，在美国科学院与陆军和海军的将领们的支持下，国家安全研究局得以成立，预计其研究经费全都来自军方拨款。卡尔·康普顿任主席，在此期间经费则来自卡耐基机构（布什任总裁)，该研究局开始寻求研究项目，并预备按照OSRD的经验与各种非政府机构签订科研合同。在1945年3月的一次宴会上，科学界和军方的精英正式宣告研究局的成立，他们对彼此的爱国热情和致力于通过加强军备来促进和平进步的愿望表示庆贺。然而这种胜利的喜悦并不能持久。[42]
刚过了一个月，罗斯福总统禁止任何军方拨款流入该研究局，从而扼杀了它。执行这一命令的负责人是国家预算局的局长哈罗德·史密斯(Harold Smith)，他留意到这些科学家试图规避国会并将自己从政府那里隔绝开来的做法。他还认为整个计划都是反民主的，并反对那种看法，即“研究者就像音乐家一样喜怒无常，为了满足他们不稳定的情绪，我们不必遵循绝大多数民主与良好组织所坚持的原则”。史密斯认为，真正的困难在于，这些科学家“甚至对民主的基本哲学毫无所知”。[43]《新共和》（TheNewRepublic）杂志赞同这一看法。它在一篇批评这个短命的研究局的文章中敏锐地指出，“相当多的知名科学家……与经常有往来的保守商人臭味相投”。文章还暗示道，“这可能意味着长期下去，美国科学院将攫取行政机构的权力。”该杂志宣称，“这一计划就像是木工协会单独选出一个负责规划公共事务的董事会，美国人民不应沉默。”[44]
国家安全研究局的终结意味着美国科学家不再能够承担军方拨款流向民间研究的通道职责。但是，这并没有打消科学家争取军方支持的梦想。没过多久，国会授权军方可以直接和各个大学签订研究合同，而且这一政策事后被证明是更为持久且有效的举措。美国海军率先承担起资助科学研究的责任。早在1941年，杰罗姆·亨萨克就在海军内部提出有关二战后科研的讨论，接任海军研发协调者这一职位的海军上将富雷尔则详细制定了支持科研的计划。[45]海军对于国会的授权早有预备，因此立刻建立了海军研究局(Office of Naval Research，ONR)，负责与各个大学签订海军科研合同。不出数年，海军研究局就成为“有史以来和平时期最大的学术界与政府之间的合营企业”。[46]至1949年，它与200个大学签订了1200项科研课题，参与的人包括3000多位科学家和数目不相上下的学生。同等重要的是，海军研究局的合同条款都依据OSRD的模式，赋予科学家以相当程度的自主权力。丹尼尔·格林伯格（Daniel Greenberg）观察到，海军资助科学研究时，“承认科学家传统上对自由和独立的各种要求”，从而使得科学自治在公共资助的私人研究机构中得以以制度的形式延续下来。[47]在1949年，美国空军根据其科学顾问委员会的要求，也以海军的方式，成为以大学为研究基地来进行科研的主要资助者。美国空军所资助的研究集中于基于计算机控制的命令、控制和通信系统，飞机和导弹的研制、制导系统，以及包括机床自动化在内的工业自动化。至1948年，国防部在科研活动上的支出占联邦政府对大学的科研活动的资助（农业除外）的60%。至1960年，这一比例上升到80%。[48]
第1章 背景：海外战争
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