义和斯多亚主义是他最重要的哲学资源。
作为一个虔诚的基督徒，奥里根坚持哲学思辨的标准是基督教的《圣经》和使徒的传统。但《圣经》并不是一部具有严格体系性的著作，其间不免包含着各种不近情理的或者自相矛盾的东西，使徒的传统也有许多不一致的地方。因此，纯粹从字面上理解和解释《圣经》已经无法行通。为此，奥里根提出了一种“寓意解经法”，认为应当从“精神实质”上来理解和解释《圣经》和使徒传统。在某种意义上说，“寓意解经法”实际上意味着以理性为标准来审视信仰及其传统。奥里根正是以这种方式对基督徒的信仰传统进行了梳理，建立起基督教第一个相对完整的哲学体系。
在奥里根的哲学中，上帝不是人格化的耶和华，而是世界万物唯一的、单纯的、精神性的、永恒的始基，是完满的“一”。作为整体，这个“二”包含着圣父、圣子、圣灵这三个位格。圣父不断地生出圣子（逻各斯），圣子道成肉身即为耶稣基督。但圣父之产生圣子，并不是像自然的生育那样把圣子分离出去，而是像太阳不断地发射光芒那样，圣子永恒地与圣父同在。同时，逻各斯又是上帝所创造的一切灵魂的原型，而在这些灵魂中，圣灵是最高者。圣子产生于圣父，已不像圣父那样纯粹，因而是减弱了的本性，圣灵就更低了。但由于圣子和圣灵都是直接产生于圣父，所以不能与圣父分离。圣父、圣子、圣灵在本性上是统一的，都属于上帝同一个神体。
上帝绝对的单纯性使他远远超出我们精神的能力。奥里根明确地表示：“无论人的精神怎样是最纯洁、最清澈的精神，也不能企及和注视上帝的本性。”①我们只能像通过一扇窗子那样接收到上帝的一些折射的光线。因此，我们只能以否定的和最高级的陈述来认识上帝。所谓否定的陈述涉及否认上帝拥有的所有物体属性：上帝是非物质的、单纯的、不可见的。所谓最高级的陈述则涉及纯精神的属性：我们从自己的精神认识到这些属性。根据人的精神与上帝的亲缘关系，我们可以把这些属性转用到上帝身上，但此时要考虑到，上帝还超越了这些属性：上帝是精神，但他还在精神的彼岸。上帝是真理之父，但比真理更多、更大；上帝是智慧之父，但比智慧更好。他是生命，但比生命更大。上帝是存在，但还在存在的彼岸。奥里根当然不是要说，我们关于上帝根本不能说出任何东西，而只是要说，我们没有任何概念能够表述本真的上帝。有缺陷的表述方式并不是错误的表述方式，也不是不知所云的表述方式，而只是一种具有相对性的表述方式。实际上，奥里根已经提出了日后伪狄奥尼修斯所提出的否定神学与肯定
①[古罗马]奥里根：《论原理》，I，1，5。
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