纳又提出了五种区分存在与不存在的方式。
第一种方式：理性以它为根据，要求一切可以清晰辨认的或超越感觉的，都可以隶属于存在的范围，而与此相反，那存在由于本性卓绝，不仅超于物质即感性之外，而且超于纯思维以及理性之外，却又表现为不存在。所以，一方面，上帝是包罗万象的存在；另一方面，就上帝超越理性来说，他又是不存在。事物就我们能够认识其属性而言，是存在；就我们对它们是什么以及为什么存在毫无所知而言，它们又是不存在。
第二种方式：作为物质世界和每一区分的界限的每一个层次，连同它的紧接的较低层次，都可以通过令人惊奇的理解方式，视为存在和非存在。对某一层次的肯定，就是对另一层次的否定；反过来也是一样。肯定人是有理性的、有死的、可以看见的创造物，就是否定天使是这样的创造物；肯定天使是在上帝和事物的原因范围里边的真实的思维运动，就是否定人具有这样的思维运动。
第三种方式：凡是根据在时间和空间里产生出来被形成了的物质原因本身而被认识的，习惯上被称为存在；反之，凡是仍然内含于自然深处，尚未成为被形成的物质，或者还不在时间和空间里，并且还没有由于某种机会成为可见的，习惯上被称为不存在。实现了的原因作为可见的现实就是存在，隐蔽的、尚未实现的原因则是不存在。但原因总是要表现为结果的，因而不存在总是要向存在转化的。正是由这种原因和结果构成了这整个世界的系列。
第四种方式：只有凭纯思维认识的，才是真正的存在；相反，那些通过产生、通过物质在时间和空间中的运动而延伸或收缩从而变化着、凝聚着或分解着的东西，只能说实际是不存在，这种看法适用于能够发生、也能够消灭的一切形体。常驻不变的就是存在，变化的就是不存在。而只有常驻不变的才是纯思维的对象，因此纯思维认识的才是真正的存在。
第五种方式：人是上帝按照自己的形象创造出来的。人犯了罪，从而背弃了上帝，背弃了上帝赋予自己的形象，丧失了自己的存在，就成为不存在。但当人被引导恢复了先前的存在状态，就又恢复了存在。这也就意味着，符合自身理念的就是存在，不符合理念的就是不存在。
爱留根纳区分存在与不存在的五种方式，渗透着古希腊哲学的精神。尤其是巴门尼德、柏拉图和亚里士多德等人的思想，显然对他都有着巨大的影响。与此同时，他的存在学说又是为他的上帝观服务的。上帝以及理念是万物的本质、原因和范型，只有上帝才是真正的存在。但另一方面，人们又只能通过上帝的创造物来认识上帝，因而上帝又是不存在。上帝是绝对不可理解的，甚至上帝也不理解自己。尽管如此，爱留根纳把存在与不存在视为辩证的统一，视为一个运动、互相转化的过程，显示了较高的思辨水平，其中包含着不少合理的思想。
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