正是运用这种“方法论上的怀疑”，笛卡尔开始了重建形而上学的工作。
二、形而上学
在西方哲学史尤其是形而上学史上，笛卡尔的伟大性贡献就在于，他不是以存在或实体，而是以“我思”亦即主体，作为形而上学的第一原理或逻辑出发点，并且由此出发来确立上帝存在和物体存在的原理，因而标志着西方哲学的一次重大转折，也可以看做是形而上学史上的一次革命。在某种意义上说，这一次转折或革命为近代哲学打上了深深的烙印，既奠定了其主体性原则和理性主义的基本特征，同时也使之始终难以摆脱二元论的限制。
(一)我思故我在
如前所述，笛卡尔认为，在所有的知识真假难辨的情况下，我们可以采取的唯一妥当的方法就是来一次普遍的和彻底的怀疑，将一切稍有疑窦的意见清除出去，以便寻找清楚明白、无可置疑的知识作为哲学的基础和出发点。于是，他使用怀疑方法，开始了重建形而上学的工作。
首先，我们一向当做真实可靠的感性知识是不可靠的。尽管感觉给予我们关于事物的许多报告，但是有时感官是会骗人的。例如同一个物体由于远近距离不同，在感觉上就变成了不同的东西。所以，对这些骗过我们一次的东西不要完全相信，肯定是谨慎的行为。
然而，尽管感官在事物远近、大小等方面有可能欺骗我们，但是在别的方面也许没有理由怀疑它。例如我坐在火炉旁，穿着冬袍等等，我怎么能够否定这双手、这身体是我的呢？然而这同样是可疑的。因为我是人，在睡觉的时候有可能做梦。我究竟是否坐在这里，是清醒还是在梦幻之中是不确定的，所以也是可以怀疑的。
既然如此，那么可以由此推论，一切依靠考察事物的科学如物理学、天文学、医学等等都是可疑的，因为它们的对象是否现实存在都是不确定的。笛卡尔的怀疑是如此之彻底，他甚至认为，他心爱的数学、几何学也是可疑的，因为人们在推理论证时经常会犯错误，而且创造世界的上帝也可能是个骗子，他有意让我们上当。不仅如此，甚至设想上帝并不存在亦是允许的。这样一来，我们的确很容易假设，既没有上帝，也没有苍天，也没有物体，也很容易假设我们自己甚至没有手、没有脚，最后竟然没有身体。总之，以往我们所确知的一切可能都是虚幻的。
但是，当我们通过这种方式怀疑一切的时候，这个怀疑本身却表明了一条无可置疑的真理，即“我在怀疑”本身是无可置疑的。我可以怀疑一切，但是我不能怀疑“我在怀疑”。因为我对“我在怀疑”的怀疑仍然是我在怀疑，因而它恰恰证实了我在怀疑的真实性。在笛卡尔看来，怀疑也是一种思想。因此可以说，“我在思想”是一个无可置疑的事实。显然，我在怀疑，我在思想，必然有一个在怀疑在思想的“我”存在。因为说某个东西在思维着，而它在思维时却又不存在，这是自相矛盾的。换言之，怀疑必然有一个怀疑者在怀疑，思维必然有一个思维者在思维。因此，“我思故我在”(Cogito，ergo sum）乃是一条真实可靠、连怀疑派的任何一种最狂妄的假定都不能使之动摇的真理，我们可以毫无疑虑地把它当做形而上学的第一条原理。
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