“灵魂”（psukhē）是希腊哲学中的一个重要概念，在《荷马史诗》中表示人死方止的呼吸、生命；在泰勒斯那里表现为普遍的生命力和活动的原则；而在毕达哥拉斯学派那里，同一个灵魂可以流动于不同的身体，因而开始有了个体性和独立性，虽然还不具有完全的非物体性。
毕达哥拉斯学派的哲学思想虽然有不少牵强附会甚至神秘荒诞的内容，但是其主要方面具有重要的哲学意义。他们提出了不同于伊奥尼亚学派的本原模式，试图用数量关系和几何结构来解释一切；他们第一次引人了和谐概念和宇宙概念，把关注的重点放在秩序和关系而不是事物本身上；他们较为系统地探讨了灵魂问题，思考精神现象与其他现象的统一。所有这些，都和他们在数学、天文学、音韵学等领域的贡献一样，对西方思想文化的发展起了推动作用。
毕达哥拉斯学派的思想对于后来哲学的发展具有极其深刻的影响，他们的数本原论虽然还没有摆脱开感性经验的限制，但是与米利都学派相比更加抽象并且更具有普遍性的意义，体现了与之不同的另一种哲学倾向，在某种意义上可以看做是米利都学派与爱利亚学派之间的中间环节。
二、爱利亚学派的存在哲学
爱利亚学派是早期希腊哲学中最重要的哲学流派，其重要性主要表现在两个方面：一方面，爱利亚学派开始转变哲学研究的重心，变本原的追溯为存在的探讨，从而为本体论的产生和发展奠定了坚实的基础。①另一方面，他们首次使用了逻辑论证方法，为哲学思想的表述确定了基本的话语方式，最终演变为整个西方哲学主要的表达方式。
爱利亚学派的思想先驱是克塞诺芬尼，创立者和主要代表是巴门尼德，辩护者是芝诺，论证者是麦里梭。
(一)克塞诺芬尼的一神思想
克塞诺芬尼（Ksenophanes，盛年约在公元前570—前 540年）出生于小亚细亚的科洛封，据说25岁后便开始在希腊各地流浪，后来定居在爱利亚，也有材料表明他在90多岁时还过着流浪的生活，写过一些叙事诗、讽刺诗和哀歌，可能是一位游吟诗人。①
① 虽然西方哲学深厚的本体论传统发端于巴门尼德的存在哲学，不过本体论这个概念直到17世纪时才出现。17世纪德国经院哲学家郭克兰钮（R.Gocleneus，1547—1628年）利用希腊语创造了ontologia这个概念作为形而上学的同义语，其直接的词义就是“关于存在（to on）的理论或科学（logos)”，即“存在论”。然而，由于toon在希腊语中不仅指普遍的“存在”，而且指“诸存在物”，加之这门学科经历了长期的历史演变，所以中文或译做“本体论”，或译做“万有论”，或直译为“存在论”或“是论”，实际上都不是（亦不可能有）恰当的翻译。在此，我们遵循约定俗成的原则，仍然译之为“本体论”。
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