谢林坚持认为绝对是超越于有差别的、有条件的东西之外的，亦即超越于主体与客体之外。因而对于绝对的、无差别的同一性的认识是不能通过任何有限的规定性或中介达到的，它只能是一种直观的知识。这样一来，原来曾经出现在斯宾诺莎哲学中的问题现在又出现在谢林哲学之中了，这就是无差别的实体与有差别的世界之间的关系问题。实际上，当初谢林批判费希特而设定了一个超乎自我与非我、主体与客体之上的绝对同一性时，这个问题就已经潜伏于其中了。在先验哲学中，谢林是通过艺术直观来克服差别的，但那只是主观性内部的事情，现在我们必须在哲学上说明绝对同一性与有差别的世界之间的关系：首先是绝对无差别的同一性如何产生有差别的世界的问题，其次是我们究竟如何从认识上把握这个绝对无差别的同一性。然而，由于谢林坚持认为绝对是绝对无差别的同一性，这就使他陷入困境而难以自拔，最终不得不求助于“启示”。晚年的谢林走向了宗教哲学，把其前期思想称为“消极哲学”，而将他的宗教哲学称为“积极哲学”。这一归宿对谢林来说应该是合乎逻辑的“进展”。
从先验哲学到同一哲学的演进，是谢林试图把他自己的哲学置于与斯宾诺莎并列、介于斯宾诺莎和费希特之间的努力的结果。虽然，谢林力图超越唯物论和唯心论之上，认为“思维不是来自存在，存在也不是来自思维。唯心论的错误在于，它把一种级次变成了原因”①，但是，这一超越最终产生了又一个唯心主义的变种。同一哲学关于主客观相统一的观点直接影响了黑格尔，促使德国唯心论发生了从主观倾向向客观倾向的转化。不过，作为哲学开端和终点的无矛盾、无差别的绝对同一也受到了黑格尔的批判，被称为“空洞的无底深渊”；浪漫而神秘的理智直观在黑格尔看来也不过是一种像手枪发射一样的突如其来的灵感。另一方面，自然哲学中的某些辩证法成果在同一哲学中丧失了，自然的发展问题、无机界向有机生命转化问题、思想意识的历史主义观点都悄然不见了。实际上，如果把谢林1801年至1804年的哲学著述看做是摆脱自然哲学与先验哲学的片面性、上升到原则的同一性的狭义的同一哲学的话，那么自然哲学、先验哲学、艺术哲学甚至晚期的宗教哲学都可以看做是广义的同一哲学的不同内容和方面，也就是说，同一哲学本身就培植了神话哲学与启示哲学的根苗。
①《谢林全集》，第4卷，135页。
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