斯宾塞把哲学视为关于具体科学的基本原理的总结，是取代中世纪“神学大全”的“科学大全”。他从发展的角度思考科学的统一，其哲学的整个框架实际上是由生物物种进化观暗中支撑的。在《综合哲学》的第一部《第一原理》中，他认为科学和秩序均以现象为研究对象，即都是研究有限的、有条件的、相对的和可分类的东西。但现象又是无限的、无条件的绝对存在的意识表现，而这种绝对的存在则是独特的、不可分的东西，超出了现象的范围。斯宾塞有时从牛顿的经典物理学出发而称之为“力”。这种绝对的“力”是恒久存在的，是一切现象的终极原因，是最高的实在。人们所能感觉到的力只是这种绝对的“力”的符号，它本身是什么则是不可知的。事实上，“不可知论”（agnosticism）这个词就是他发明的。
在斯宾塞看来，事物的基本规律是“力的恒久性规律”(the law of persist-ence of force)。任何事物在这种力的规律的作用下，都不可能保持其自身的同质(homogeneous)，因为外在的力对事物某一部分的影响必然不同于其他部分，任何继续作用于同质事物的力都必将引发其不断的变化。在他看来，这一“作用效果的增值规律”乃是理解整个宇宙和物种演化的线索，他也将这一规律归于一种未知亦不可知的绝对的力。值得注意的是，斯宾塞关于物种进化的观点发表在达尔文和华莱士之前，不过他那时认为进化是由获得性特征的遗传引起的，而达尔文等人则把进化归之于自然选择。斯宾塞后来接受了自然选择理论，把它作为生物进化的原因之一，并熔铸出了“适者生存”（survival of the fittest）这一名言。
在社会学或社会哲学方面，斯宾塞在《社会静力学》中首次反思了人类社会，提出了普遍的进化框架。他认为社会进化是不断个性化（individuation）的过程。在从无差别游牧部落向复杂的文明社会的发展过程中，劳动的不断分化促进了人类社会的进化。从社会学的角度来看，基本的社会分类是军事社会和工业社会，在前者中人类的合作是通过暴力，而在后者当中，合作是自愿、自发的。
进化并不是斯宾塞唯一应用到社会学理论中的生物学概念。他详细地比较了动物有机体和人类社会，发现两者之中都有调节、维持和循环分配三个系统，在动物中分别是中枢神经、营养和静脉动脉，在社会中分别是政府、工业和道路、电报、商业等手段。据此他又把社会成员分为三等：一是从事生产职能的工人和农民，二是从事“分配与循环”职能的商人、企业家和银行家，三是从事“调节”职能的政府管理人员、官吏。他断言这三种人同时并存是由社会有机体的本性决定的，他们互相合作，各司其职，以维护社会的平衡和秩序。同时，在动物和社会有机体之间也存在着重大的差异：在前者中，只有一个与整体相关的意识，各个器官是为着整体的生存而生存的；而在后者当中，每一个成员都具有意识，整体是为了它的各个部分的存在而存在。社会是为了其成员的利益而存在，而不是其成员为了社会的利益而存在。
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