本体论是对“存在”的研究。作为对“现实是什么”这个问题的回答，它涉及马克思关于世界的本质和结构的多数最基本的论断。作为一个唯物主义者，马克思当然相信世界是实在的，它存在于我们之外，并且无论我们是否体验到，它都是存在的。但是关于它的各个部分以及它们如何相互联系、如何与它们都从属的整体发生联系的问题都仍然有讨论的余地。马克思本体论的最大特点在于如下观念，一是把现实当作由内在相联的部分构成的总体，二是扩张这些部分以至于每一部分在其全面的关系中都能代表总体。
几乎没有人会否认，世界上的每一个事物都作为原因、条件和结果与其他一切事物——直接或间接地——联系在一起；许多人都认为，要不是依据这种联系的话，世界就是很难被理解的。马克思在深入认识事物内部的这种相互依存方面更进了一步，使得事物存在的条件成了它是什么的一部分。例如，资本就不仅仅是物质生产资料，而且包括了使这些资料得以像它们那样产生和起作用的社会经济关系的整个模式。在涂尔干(Durkheim)站在另一端要求我们把社会事实理解为事物时，马克思却把事物理解为社会事实或关系，并能够在头脑中通过这些关系的必要条件和必然结果将它们扩展到总体的程度。这是历史上一直被称为内在关系哲学的东西的又一种说法。
哲学上有三种根本不同的总体观：
- 原子论的观点。这种观点从笛卡尔(Descartes)一直延续到维特根斯坦(Wittgenstein)，把总体看成单个部分的总和，无论这种单个部分是事物还是事实。
- 形式主义的观点。这种观点在谢林(Schelling)，或许还有黑格尔，以及许多现代结构主义者那里是显而易见的。它认为同一性属于独立于部分之外的总体，并断言总体完全支配着部分。在这种情况下，真正历史的主体就是整体先在的、自主的趋势和结构。研究的主要目的就在于提供说明，而且那些不“符合”的事实，要么就被忽视了，要么就被当成了不重要的残余。
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第八童章 马克思主义与政治科学：关于马克思方法的一个争论的导论