其次，要实现对可见物的结构化认知，生产自然史，还必须建立一套有序的特性理论。所谓特性理论，就是把物全都置于那个把它们与其他所有的存在物联系起来的同一与差异的体系，这个“被选作确切的同一性和差异性之场所的结构,就被称作特性(lecaractère)”[31]。判定对象物的不同质性的特性，是对自然进行差异性分类的微观根据。
其三，自然史的本质是确认自然存在的连续性(continuité)。正因为话语构序的连续性，被构序和分类的自然就必须是连续的，“连续性只由能被特性清楚地辨别的不同区域的无裂缝的并转所组成，一个连续不断的价值渐变”[32]。这会是双重连续:一是被区分了特性的物与物之间的共时性连续网络，青年福柯宣称，这种“存在物的连续网络”是对自然构序的最重要的保证之一。二是这种网络的历时性连续。此处，它仅仅是一个认识型发挥构序作用区间的持续渐变。这后一个连续性的抽象历史方法，也是后来福柯在反对总体历史观中的核心质疑点。
最后，自然史的发明还出现在科学分类学身后的书写档案(d'archives)中。在传统研究中，档案是对过去之物的物性遗迹的保存和整理。而到了青年福柯这里，档案获得了一种全新的定位：
书写物的愈加完整的保存，档案的建立，对档案进行归档，图书馆的重组，目录、索引和盘存表的制定，所有这些事情，在古典时代末，与其说表达了对时间、对过去，对历史的深度的一种新的感受，还不如说表达了一种把一个与在生物之间确立起来的构序相同类型(mêmetype)的秩序(ordre)的引入早已强加在物上的语言，引入由语言留下的踪迹中去的方式。[33]
档案，现在不仅是遗迹的物性保存，更重要的在于它是重新激活话语构序场境的科学踪迹。其实，面对这个曾经活化的话语踪迹，就是将档案重新激活的考古学。这是与停留在物性层面遗迹的传统考古学是根本异质的。在青年福柯看来，这才是19世纪历史学家有可能写出一部“真实”历史的根本原因。这也就是说，资产阶级历史学恰恰是在这里被建构起来的。因为，历史“从古典合理性(rationalité classique)、从构序化(ordonnance)和神正论(théodicée)中解放出来了，这部历史是向时间突然侵入的暴力(laviolence)中恢复的”[34]。此处这个暴力,亦即科学构序对自然的强制。历史从神性枷锁中逃出，但在新的档案学之下，以时间为内核的连续的结构化的自然历史必然是一个被强暴的结果。在不久之后的《认知考古学》中，这个新型的档案范式成为功能性的话语历史复构基础。
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