1948年 以《黑格尔〈精神现象学》中历史先验性构造》一文，获哲学学士学位。福柯患上严重的心理疾病。在高师竞争激烈的环境中，精神抑郁症不是个别现象，但是福柯的精神病情况比较严重。他经常酗酒，1948年和1950年，福柯两度企图自杀。福柯后来的男友丹尼尔·德费尔(DanielDefert)说，福柯长期以来的痛苦不是源于同性恋的压抑，而是另有原因。他分析可能有两个因素：一是福柯为自己不够漂亮而苦恼，二是福柯早年可能吸过毒，毒瘾可能很深。此时，路易·阿尔都塞成为新任哲学辅导教师。他被学生们戏称为“哲学眼睛鳄”(caiman)。
1949年获心理学学士学位。梅洛-庞蒂升任巴黎大学心理学教授，并开讲“人的科学与现象学”的课程，给予福柯深刻的印象。福柯在伊波利特指导下开始准备他的关于黑格尔的博士论文。
1950年 从巴黎高等师范学校毕业,之后，福柯首先以健康状况不佳为由逃避了服兵役,并获得了梯也尔基金会(FondationThiers)的三年研究资格。后来，他实际上只为基金会工作了一年。同年，在阿尔都塞的影响下，福柯加入法国共产党(Parti Communiste Français,简称 PCF)。他第一次参加中学教师资格考试，在顺利通过笔试之后，出人意料地未通过口试。多次考试的失败，使福柯产生了深深的焦虑，他再次出现自杀念头，并到医院接受戒毒治疗。
1951年 退出法共，但仍然与阿尔都塞保持着友好的关系。福柯第二次参加中学哲学教师资格考试，在顺利通过笔试之后，此次口试的主考官是伊波利特、他日后重要的思想导师康吉莱姆以及乔治·达维(GeorgesDavy)，这一回，福柯终于取得法国大学和中学的哲学教师资格文凭。同样，福柯几乎同所有的人都不能和睦相处。认识青年作曲家皮耶尔·布雷兹(PierreBoulez),并开始亲密关系。开始系统地研究心理学和精神病的历史，养成了每日必去国家图书馆的习惯，了解各式各样的精神病理论，从巴甫洛夫(Ivan Pavlov)、皮亚杰(Jean Piaget)到雅斯贝尔斯(Karl Jaspers)、弗洛伊德,无所不读。还应阿尔都塞的邀请，于1951—1955年间做过巴黎高等师范学校的一名心理学辅导教师。获得巴黎心理学研究院的心理一病理学证书,在法国最大最现代的治疗精神病的机构之一——圣安娜心理医院工作。作为一名非正式的实习医生，他在脑电图描记实验室帮忙做实验，学习如何通过分析脑电波活动的各种反常状态，来诊断脑损伤、癫痫和各种神经疾病。同时准备考取心理学和精神分析学医生资格。同时，在康吉莱姆的指导下，准备哲学国家博士论文。
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