1961年 在索邦大学答辩国家博士论文《癫狂与文明:古典时代的癫狂史》与《康德〈人类学〉导论》；前一篇由康吉莱姆和丹尼尔·拉加斯(Daniel Lagache，1903—1972)指导，后一篇由伊波利特指导。评审团由亨利·古耶(HenriGouhier，索邦大学历史学家)主席、乔治·康吉莱姆、让·伊波利特、拉加斯和莫里斯·德·康梯拉克组成。5月，《癫狂与文明：古典时代的癫狂史》出版，立即受到历史学家曼德鲁、费弗尔、哲学家巴特以及作家布朗肖的高度肯定。福柯被任命为巴黎高等师范学校入学考试审查委员会委员。在法兰西文化广播电台主持《癫狂史和文学》的系列节目。《古典时代的癫狂史》获得“国家科学研究中心”铜奖。年底，《临床医学的诞生》完稿，并起草《雷蒙·鲁舍尔》。
1962年在克莱蒙·弗尔兰德大学接替朱勒·维叶明的哲学系主任之职，维叶明接替梅洛-庞蒂的法兰西学院教授之职。认识吉尔·德勒兹，从此成为他的至交。修改《精神病与人格》，该书改名为《精神病与心理学》，并在法兰西大学出版社出版。阅读法国著名医学家和解剖学家毕萨(Francois Marie Xavier Bichat，1771—1802)和作家萨德的著作时，,对“死亡”概念进行精辟的知识论分析。发表论文《一种如此残酷的认知》(Unsi cruelsavoir)。
1963年 加入了巴塔耶的《批判》杂志编委会(担任编委到1977年)，与新创办的文学季刊《泰凯尔》(Telquel)的编辑们打得火热，并发表了一系列令人炫目的评论文章，其中有巴塔耶、布朗肖、荷尔德林、鲁舍尔，皮埃尔克罗索夫斯基(PierreKlossowski),还有“新小说”的首倡者阿兰·罗伯-格里耶。这一时期被人们习惯地称为“福柯的文学时期”。发表《临床医学的诞生:一种医学目光的考古学》(Naissance de la clinique:Une Archeologie duregardmedical,法兰西大学出版社)和《雷蒙·鲁舍尔》(伽利玛出版社)。开始与巴西的民主反对派达成一种长远关系。外交部任命福柯为东京法国文化中心主任，但由于福柯舍不得离开丹尼尔·德斐特，放弃了这个职务。也是在这个时候，福柯开始重读海德格尔的著作。
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