为了解释系统在某个环境中的嵌入性(embededness)，马图拉纳采用了结构耦合的概念。为了继续生命，所有的生命组织都必须在结构上耦合于它的环境；例如，人类必须呼吸空气、喝水、吃食物（《自生与认知》，pp.x一xi)。另外，系统之间也必须结构性地相互耦合。例如，身体里的细胞本身可以视为一个系统，但是细胞要存活必须依赖身体其他细胞构成的整体。这里，观察者的角色再次变得重要，因为马图拉纳非常小心地区分了触发性效果与因果关系。触发性效果是媒介对系统的影响，媒介和系统在结构上也是耦合的；因果关系是观察者在感知系统与环境互动时的思维建构/观念。当我的狗狗看见一只鸽子，我可能会想，“哦，它正在瞄准，因为它想看见这只鸟儿”。但是，根据马图拉纳的理论，这只是我站在人类观察者“描述领域”的位置得出的推论(《自生与认知》，p.121)。从自创生过程的观点，只有在自创生不断实现的过程中的相互作用的循环，这种循环总是正在进行的，不断生产它的组织。因此，时间和因果关系并不是自创生过程本身的内在属性，而是观察者推论的观念。“此刻，是进行互动所必要的时间间隔”，马图拉纳和瓦雷拉写道，“过去、将来和时间都只为观察者存在”(《自生与认知》，p.18)。
类似地，信息、编码和目的论也是观察者的推论，不是自创生过程的内在特性。在自创生的学说中，没有流通于反馈回路的信号(messages)，甚至也不存在什么基因编码。这些都是观察者为了解释他所见到的情况而创造的抽象(abstractions)；它们存在于观察者的“互动领域”(domain of interactions)，而不存在于自创生本身。“说基因系统和神经系统对环境信息进行编码，或者在它们的功能组织中表现环境信息，都是站不住脚的”，马图拉纳和瓦雷拉指出，“基因系统和神经系统的编码从初始状态描述一系列转变的过程，这种编码只能通过实际的措施才能解码；基因系统和神经系统不是观察者对环境的描述，环境不在观察者的认知领域之内”(《自生与认知》，p.53)。相似地，“信息的概念与观察者对自己在由自己界定的替代性领域内的行为的不确定性程度有关。因此信息概念只能应用于他的认知领域(《自生与认知》，pp.54)。目的论的情况也差不多。“生命系统并不是一个由目标导向的系统；就像神经系统一样，它是一种稳定的、状态决定的、有严格确定性的、自我闭合的系统；它接受互动的调制，而不受操作限制。但是这些调制，显然只是对观察者而言的。观察者只是从外部关注有机组织或者神经系统，从他自已的观念性（描述的）视角，将调制置于某种环境，或者视为互动领域的元素”(《自生与认知》，p.50)。
第六章 控制论的第二次浪潮：从反身性到自我组织
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