组织就是“那些必须存在于系统成分之中的关系，因为它要成为物种的一员”(p.47)。这个定义迫使人们做出进退两难的选择。考虑一下变形虫与人的例子。变形虫或者人具有相同的组织，这个组织会让他们成为同一物种的成员。在这种情况下，进化论的世系将会消失，因为所有的生命系统都有相同的组织；另一种选择是，变形虫和人具有不同的组织，在这种情况下，组织—由此推及自创生——在某个地方（或者在很多地方）肯定不曾是保守的。这种两难的选择表明，自创生（系统论）的保守性循环与进化（论）的线性突进之间存在矛盾。如果说组织是保守的，进化论的改变就被取消；如果说组织是变化的，自创生就被取消。
尝试用进化来解释自创生，在没有充分论证的领域里，这种努力的痕迹很明显。分子生物学很少被提及，并且只是在贬低其重要性的语境下才提及。这种做法与马图拉纳关于遗传并不取决于核酸的主张是一致的。论及分子生物学，还会带来另外一个问题，因为关于DNA编码的任何讨论将会立即显示，结构与组织之间的区分不可能是绝对的—如果这种区分存在，那么自创生在进化过程中就不再是保守的。因为如果有机组织被分析出来表示生物种类（体现为物种）那么很明显，物种形成发生时，组织也会变化。如果有机组织意味着其他，而不是物种，那么组织就停止区分不同种类的物种，并且变成任何生命系统的一种属性。保存组织，就意味着保存生命。如果将自创生当做生命系统的一种属性，这个判断是充分有效的。如果要用进化来解释自创生，这句话将不起作用。
尽管问题是在下定义的地方出现的，但这里的根本性问题首先不是定义问题。定义是用来固定论证的，不然就会飘忽不定，慢慢变成“自然漂移”这种模糊不清的术语上。相反，之所以遇到困难，是因为马图拉纳总是热切地希望将某些事情保藏在连续变化的迷雾中。撇开他在解释结构和组织时的问题：系统是自给自足、自我永存的；系统在功能上是与它的环境隔绝的。在马图拉纳的玄学中，系统是自我闭合的，并且将历史的偶然性排除在外。甚至在关注进化的线性分叉解构时，他也将这种线性转化为圆环，并且赋予不可避免的绝对性涵义。被视为文本技术，《知识树》就像一种生产知识的引擎，通过在相互纠结的假设形成的空间中连续不断地循环，历史的偶然性被蒸发了。[25]
第六章 控制论的第二次浪潮：从反身性到自我组织
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