与基督教哲学相比，近代哲学以理性主义为其基本特征，这种理性主义当然与经院哲学的理性主义是不同的。经院哲学尤其是唯实论的思想的确可以称为理性主义，然而那是一种以神学为最高权威、以神学教义为研究对象、抽象空洞烦琐思辨的理性主义。而近代哲学的理性主义则试图取代神学的权威，以自然、社会和人类自身为研究对象，因而有丰富的思想内容和知识基础。我们可以说，近代哲学要做的工作就是在经院哲学的废墟上重新确立理性的权威，重建哲学的基础。当然，近代哲学并没有彻底抛弃基督教哲学的传统，这一方面表现在它不可避免地具有神学上的不彻底性，虽然哲学家心目中的上帝往往不是宗教式的人格神，而是至高无上的理性存在；另一方面近代哲学也在不同程度上受惠于基督教的某些观念，例如基督教视自然为可供人类任意支配的低级存在的自然观，就构成了近代科学和哲学的机械自然观的基本前提。
因此，在这样的历史背景之下，近代哲学的主要问题就表现为思维与存在的关系问题。由于近代哲学从笛卡尔开始通过主体与客体的分离而树立起主体性原则，注重对认识论问题的研究，这就使近代哲学在思想的深入、知识的丰富和体系的建构上取得了前所未有的成就，同时亦使它始终难以摆脱主体与客体之间的矛盾。在认识论主体客体二元框架的限制下，近代哲学的问题最初表现为理性与经验的矛盾，出现了经验论与唯理论之争，继而展开为主体与客体、知识与对象、理想与现实、自由与必然等和思维与存在有关的一系列问题。
近代哲学与自然科学的关系非常密切。在某种意义上说，近代哲学在继承希腊哲学的同时也继承了它的传统许多哲学家也是科学家。近代自然科学的迅速发展不仅极大地促进了社会生产力的发展，为资本主义革命奠定了坚实的物质基础，而且为近代哲学的形成和发展提供了可靠的知识前提，同时亦向哲学提出了概括总结科学的成果，为之提供认识论和方法论支持的任务。因而哲学与科学之间的关系是：自然科学的发展进一步确立了理性的权威，而且向哲学提出了认识论的问题，而哲学在吸取科学知识的内容，对其成果进行概括和总结的同时，亦在世界观、自然观和方法论上对之形成了深刻的影响，所以它们是相互影响相互促进的。总而言之，自然科学的发展给近代哲学打上了深刻的烙印。实际上，近代哲学早期的经验论与唯理论之争就与自然科学有深刻的关联。以哥白尼革命为例。当哥白尼提出日心说假说的时候，理性与经验之间的矛盾被激化了：从经验上看，我们都是按照太阳东升西落围着地球转的观念生活劳作的，然而理论却证明是地球围绕着太阳转。不仅如此，近代哲学像希腊哲学那样追求知识、崇尚科学，并且接过了使哲学成为科学的理想，梦想使之成为现实。使哲学成为科学，可以看做是西方古典哲学的最高理想，这个理想直到黑格尔才得以实现，不过实现的结果却表明它归根结底只能是在思想中编织而成的美好梦想。
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