笛卡尔的主要哲学著作《第一哲学沉思集》以拉丁语于1641年在巴黎出版(后来译成法语时题为《形而上学的沉思》)，第一版里还附有六篇反驳和答辩。笛卡尔最初将书送给索邦神学院(La Sorbonne)，试图借助它的权威来论证该书思想的正确性，以利于出版，后来神学院的麦尔塞纳神父将该书分别送给一些哲学家神学家（包括霍布斯和伽森狄）等专家学者征求意见，引起了来自神学家和唯物主义哲学家两方面的批评，由此组成了六组反驳。后来笛卡尔对它们一一进行了答辩，并将这些反驳和答辩与原书一同出版。他的著作还有《论世界》(1633年写成，因伽利略遭到罗马教廷审讯而未敢发表)、《哲学原理》（1644)和《灵魂的激情》（1649）。
1649年9月笛卡尔应瑞典女王克里斯蒂娜的邀请前往斯德哥尔摩讲学，由于气候寒冷和生活习惯的改变，患肺炎于1650年2月21日逝世。
当笛卡尔登上哲学舞台之时，一方面是经院哲学一蹶不振，哲学百废待兴，另一方面是自然科学的迅速发展。因而摆在他面前的问题，就是如何在经院哲学的废墟上重新树立起理性的权威，重建哲学的基础。在这种理论背景之下，任何独断的或肯定的方式无疑是不会起作用的。于是，笛卡尔从头做起，采取了一种现在看来可能是最为行之有效的方法，那就是以否定的亦即怀疑的方式，去寻找不证自明、无可置疑的东西。他在近代哲学中第一个将几何学方法引人哲学，把“我思故我在”作为形而上学的第一原理，以主体性原则为近代哲学奠定了基础，确定了方向，因而他的理论学说堪称哲学的革命。
笛卡尔将他的哲学体系（亦即人类知识体系）比做一棵大树，它的树根是形而上学，树干是物理学，树枝是其他的科学（主要是医学、机械学和伦理学）。我们主要从三个方面来讨论笛卡尔哲学，这就是“方法论”、“形而上学”和“物理学”。
一、方法论和认识论
在某种意义上说，哲学问题的解决与方法有着极为密切的关系，因而历来的哲学革命大多与方法论的创新有关，笛卡尔也不例外。笛卡尔的哲学革命首先就是从方法论开始的。
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