1877年创办了刊行40年之久的《科学哲学季刊》，对于促进经验批判主义的流传起了很大作用。阿芬那留斯称他的哲学是一种尊重经验的哲学，不过他既不把经验看做客观对象的主观映像，也反对把经验看做纯粹的主观内省，而是要对以往哲学的经验概念进行批判，由此他的哲学被称为经验批判主义。
阿芬那留斯的经验批判首先是要清洗掉夹杂在经验概念中的一切与经验无关的内容，使经验成为“纯粹经验”或“完全的经验”。被清除的非经验内容包括两类：一类是伦理和美学的评价，另一类是对自然的拟人化解释，因为二者都被误认为对象本身的属性。他在《纯粹经验批判》中认为，纯粹经验的综合概念是一种陈述的综合概念，在这种陈述的所有构成部分中，只有环境构成部分才能是这种陈述的前提。阿芬那留斯继而要求从经验中“清洗”掉物质、因果性、必然性等超乎经验的、形而上学的东西，因为它们只能是一种空洞的或先天的抽象，不应包括在经验概念之内。具体说来，在清洗过的“完全的经验”内部没有“物理”的东西，即没有形而上学的绝对概念的“物质”，因为这个概念下的“物质”不过是一种抽象；实体只是主体用以联结各种变化的“理想的点”，而不是什么独立存在的东西；必然性、因果性也是这样，我们既然感觉不到某种引起运动的力量，也就感觉不到任何运动的必然性，我们所感觉到的一切，就是现象间的接续，既然因果性的概念要求力量和必然性作为决定结果的不可分割的组成部分，所以因果性的观念也就和它们的命运一样了。
阿芬那留斯称其经验批判主义的世界观为“自然的世界概念”：我在一定的环境中与自己的思想和感觉同在，这一环境是由具有各种各样相互依存关系的各种各样的组成部分构成的。在这个环境中也包括与我接近的人以及他们的多种多样的言语：他们所说的话在大多数情况下都同这个环境发生一定的依存关系。此外，他们也像我一样说话和行动。这些接近我的人也像我一样是实体，而我自己也像他们一样是实体。我在最初的哲学思维中所发现的世界就是这样的，它是某种存在着的、牢固的、众所周知的、习惯的、可以理解的东西。进一步说，无论是环境还是自我，都是同时由我的经验（思想和感觉）发现的某种现成的东西，二者在本质上是相同的。
阿芬那留斯认为自然的世界概念包含了两种要素，即经验和假说。经验的内容指已被发现的东西，即自我、环境及其组成部分（包括他人）、经验各部分的依存关系。这一要素实际上指的是自我的经验。假说所指的主要是自我对周围的人的运动（例如说话）所赋予的那种意义。换言之，我必须假定周围的人也像我一样同这个环境发生依存关系，同我一样说话和行动。因而他们同我一样具有其各自的自我及环境的经验。自我和他人在这方面在原则上是完全平等的。因此，自然的世界概念对我和对周围的人都同样适用。凡是对我来说是正确的东西对他人来说也是正确的，反之亦然。因此，研究自然的世界概念，既可以从自我出发，也可以从周围的任何人出发。
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