基于经验批判和自然的世界概念，阿芬那留斯进一步提出了原则同格论。原则同格是指经过“清洗”后的“完全的经验”中或者说是自然的世界概念中的主体和客体的关系。其基本观点就是认为作为主体的自我以及作为对象的环境处于不可分割的同格关系，即相互依存关系之中。他把自我叫做同格的常在项或者说中心项，把环境叫做同格的对立项，而二者总是被一起发现的。正像自然的世界概念中的经验不只是个人的经验，也包括他人的经验一样，作为原则同格的中心项的也不只是个人的自我，还包括他人的自我。从原则同格论出发，阿芬那留斯认为，如果把主体和客体（自我和环境）的关系看做从属关系，无论是使自我、精神从属于客体、环境，还是使客体、环境从属于自我、精神，都是对自然的世界概念的歪曲。
如果说自然的世界概念和原则同格论主要体现了阿芬那留斯的世界观，那么生命系列规律说和反嵌入论主要体现了他的认识论。所谓生命系列规律是把人的认识过程归结为生物学的刺激和反应过程，即自我的经验（E）通过中枢神经系统（C）与环境的刺激（R）的相互依存的过程。这一过程又可分为独立的生命系列和附属的生命系列两个过程。前者是R和C之间的刺激和反应过程，就其只涉及C系统与环境的关系而言，它只是人的大脑中所发生的生理过程，它与人的意识、心理活动无关，故称为独立的生命系列。但是，与这一过程同时发生的并从属于这一过程的还有另一个过程，即意识的、心理的过程，这就是附属的生命系列。这两个过程都是平衡的破坏与恢复的过程。在阿芬那留斯看来，人们平常所说的由不知到知的认识过程实际上也正是人的生活的平衡的破坏和恢复的过程，即发现问题（不平衡），寻找解决问题的手段（恢复平衡的过程），最后解决问题（平衡恢复）。在阿芬那留斯看来，尽管属于心理的东西的附属的生命系列以属于物理的东西的独立的生命系列为前提，但二者之间并无一一对应的因果关系，不能认为人的心理反应是对物理刺激的反应，不能把R作为自在之物，似乎是它们作用于感官，引起了感觉、知觉等经验内容（E)，E是C系统引起的，C系统也的确受R的刺激，但E并不是R的产物，更不反映R。在R—C和C—E的过程之间存在着依存关系。二者的过程是对应的，都是平衡的破坏和恢复的过程，但这种关系是函数关系，而不是因果关系。阿芬那留斯把感觉、思想仅仅当做人在受到外部刺激以后所做出的生物学的反应，即人的生物有机体应付环境的刺激的手段，而某一种思想、观念只要能用来应付环境，或者说恢复有机体的平衡，那不管它们是否符合实际，都应当加以肯定，这实在是有些矫枉过正。
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